古籍整理研究所的前身，为1971年学校成立的二十四史标点组，具体整理《宋史》。七十年代末，改名为古籍整理研究室，时任历史系第一副主任的程应鏐先生兼任研究室主任。1983年成立古籍整理研究所，是全国高等院校古籍整理研究工作委员会直接联系的研究所之一。程应鏐任古籍所首任所长，教职员工最多时达到四十多人。1996年12月，古籍所与中文系、历史系联合成立人文学院。1999年在古籍所的基础上又成立了文化典籍系，形成系、所并存运行模式。
古籍所历任所长有程应鏐、朱瑞熙、陈伯海、范能船、虞云国、朱易安和戴建国。现古籍所设历史文献学和古典文献学两个教研室，有专职教师22人，其中教授11人，副教授7人，讲师3人，90%具有博士学位。现有本科生121人，硕士生46人，博士生41人。
1983年经由全国高校古籍整理委会批准，古籍所设立古典文献学本科专业，为古委会直接领导的全国四个本科专业之一。近三十届的本科毕业生，成为古籍整理研究的基础人才。
古籍整理研究室参与了全国首批研究生的招生，有古籍整理专业硕士研究生六人。现古籍所有历史文献学、中国古典文献学、史学史与史学理论三个二级学科博士点及硕士点，教师中有11人担任博士生导师，18人担任硕士生导师（含博导）。
三十多年中，古籍所教师先后整理和出版了大量唐宋基础文献，屡获全国和上海各类科研和图书奖项，并且编纂出版了上百种学术著作，如《宋史》、《续资治通鉴长编》、《汉书补注》、《文献通考》的点校，《唐诗汇评》、《唐诗书目总录》、《唐诗文献学集粹》、《全宋笔记》的编纂和整理等。近年来，完成国家社科重大项目两项，在研国家社科重大项目两项、国家社科重点项目一项，此外还了承担了一批国家社科一般项目及省市哲社项目。
1984年，古籍整理学科成为上海市高教局批准的上海市地方高校第一批重点学科。2007年，由我所和历史系共同申报的中国古代史成为上海市教委第五批重点学科。近年来，中国古典文献学作为上海市高峰计划“中国语言文学”的一部分，历史文献学作为上海市高原计划“中国史”的一部分，参与建设。古籍所的学科建设和科学研究进入良性循环的轨道。
古籍整理研究所所长：钟 翀 副所长：潘牧天
文化典籍系主任：孔妮妮 副主任：潘牧天
